เริ่มมีสถานีตำรวจครั้งแรกประมาณ ปี พ.ศ. 2462 ปลูกสร้างโดยใช้เสาไม้กลม กว้างประมาณ 5 เมตร ยาวประมาณ 10 เมตร หลังคามุงจาก ยกพื้นปูด้วยเสาไม้หลาโอน

ปี พ.ศ. 2516 สถานีตำรวจภูธรปากพะยูนก่อสร้างที่ทำการหลังใหม่เป็นอาคาร 2 ชั้น และสถานีตำรวจภูธรปากพะยูน ได้ทำการรื้อถอนเมื่อเดือน กรกฎาคม พ.ศ.2554 เพื่อก่อสร้างใหม่อีกครั้งหนึ่ง

ที่ทำการชั่วคราว สถานีตำรวจภูธรปากพะยูน ย้ายมาทำการที่ศาลาประชาคมอำเภอปากพะยูน เมื่อเดือนตุลาคม พ.ศ.2555